Neogotycki kościół halowy na planie krzyża łacińskiego zbudowany został w latach 1888-1890 na potrzeby diaspory katolickiej w protestanckim Szczecinie. Autorem projektu był architekt Engelbert Seibertz z Berlina, poświęcenia gotowej świątyni dokonał 30 września 1890 r. biskup wrocławski Georg Kopp. Do roku 1945 r. kościół św. Jana Chrzciciela był jedynym kościołem rzymskokatolickim w Szczecinie.